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Le développement récent de méthodes à haut-débit et corrélatives en imagerie spectrale et microscopie, notamment les lignes de microscopie de fluorescence du synchrotron SOLEIL (DISCO), répond au besoin de caractériser les objets biologiques d’origine animale et végétale, et entraîne une réelle révolution en termes de dynamique d’observation à la fois dans le temps et l’espace.

L’étude des mécanismes biochimiques passe par l’évaluation et la quantification des structures moléculaires, cellulaires et/ou tissulaires observées et de leur dynamique. Cette quantification nécessite de mettre en œuvre des techniques de traitement d’images puis d’analyse des données extraites des images. Cependant, l’analyse des données obtenues est compliquée par de nombreux facteurs tels le grand volume de données, la complexité de la dimension spectrale, et/ou la nature temporelle des observations.

Les enjeux de cette école-chercheurs organisée par le département CEPIA de l'INRA avec les scientifiques de la ligne DISCO de SOLEIL sont :
- de mieux appréhender et maîtriser les différentes étapes permettant d’explorer, quantifier et interpréter les observations obtenues sur la ligne DISCO du synchrotron SOLEIL pour des questions liées à la caractérisation de la construction / déconstruction de matrices biologiques diverses. L’objectif est de faire le lien entre les questions posées, la nature des acquisitions, et les méthodes de traitement et d’analyse d’images associées (calibration, mesure, segmentation…). Les approches de modélisation des données extraites seront également abordées ;
- collaborer entre experts de la ligne DISCO, et utilisateurs de cet outil ;
- créer une communauté de pratique.

Pour FARE, Gabriel Paës est à l'origine du montage de cette école-chercheurs avec Claire Bourlieu du laboratoire IATE à Montpellier, tandis que Yassin Refahi interviendra au cours de la formation pour apporter son expertise dans l'analyse d'images et les approches de modélisation.

Pour tout renseignement complémentaire, prendre contact par mail avec martine.coutarel-lorieu@inra.fr.

A lire : plaquette de présentation de l'école-chercheurs

Contact : Dr Gabriel Paës, gabriel.paes@inra.fr